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Sus tradicionales rivales son la Liga Deportiva Alajuelense con la que disputa el Clásico Provincial y el Deportivo Saprissa con el que disputa el Clásico del Buen Fútbol. Después del Clásico de Avellaneda con Racing Club, los otros equipos considerados como clásicos de Independiente son versus Boca Juniors, River Plate y San Lorenzo, pertenecientes a los tres equipos restantes de los denominados «cinco grandes del fútbol argentino».