Durante esta primera temporada consiguen el subcampeonato de la Segunda División la temporada 1988-89 y el campeonato de la Primera División ‘A’ en 1998. Tras desaparecer en 2001 resurgió al año siguiente como «Atlético Yucatán», equipacion real madrid 2022 franquicia que venía de Chiapas llamada «Atlético Chiapas» pero solo duró una temporada esta nueva franquicia. En 2008 apareció de nueva cuenta como «Mérida Fútbol Club» gracias a los hermanos Millet Reyes.
